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- ¿Cómo instalo la última versión de Gromacs??
- ¿Cómo descargo e instalo Gromacs??
- ¿Cómo instalo Gromacs en Windows 10??
- ¿Cómo ejecuto Gromacs en Linux??
- ¿Cuál es la última versión de Gromacs??
- ¿Cómo verifico la versión de Gromacs??
- ¿Cómo instalo Gromacs??
- ¿Cómo descargo e instalo Cmake??
- ¿Cómo instalo Gromacs con soporte GPU??
- ¿Cómo descargo Gromacs en Linux??
- ¿Cómo se usa Gromacs??
- Cómo desinstalar Gromacs Linux?
¿Cómo instalo la última versión de Gromacs??
Alternativamente, puede descargar y descomprimir el conjunto de pruebas de regresión GROMACS https: // ftp.gromacs.org / regressiontests / regressiontests-2021.2.alquitrán.gz tarball usted mismo y use la opción avanzada de cmake REGRESSIONTEST_PATH para especificar la ruta al tarball descomprimido, que luego se usará para probar.
¿Cómo descargo e instalo Gromacs??
Alternativamente, puede descargar y descomprimir el conjunto de pruebas de regresión GROMACS http: // gerrit.gromacs.org / download / regressiontests-2020.alquitrán.gz tarball usted mismo y use la opción avanzada de cmake REGRESSIONTEST_PATH para especificar la ruta al tarball descomprimido, que luego se usará para probar.
¿Cómo instalo Gromacs en Windows 10??
Procedimiento
- Descargue el código fuente de GROMACS y descomprímalo en algún lugar.
- Ejecute CMake GUI.
- Establezca el directorio del código fuente en "¿Dónde está el código fuente?" ...
- Establecer una ubicación diferente para colocar los GROMACS construidos en "Dónde construir los binarios" ...
- Haga clic en Configurar. ...
- Configure se detendrá porque no puede encontrar FFTW.
¿Cómo ejecuto Gromacs en Linux??
Ejecutar archivo de entrada (.
El siguiente paso es combinar la estructura molecular (archivo gro), topología (archivo superior) parámetros MD (archivo mdp) y (opcionalmente) el archivo de índice (ndx) para generar un archivo de entrada de ejecución (extensión tpr). Este archivo contiene toda la información necesaria para iniciar una simulación con GROMACS.
¿Cuál es la última versión de Gromacs??
GROMACS
| Desarrollador (es) | Universidad de Groningen Real Instituto de Tecnología de la Universidad de Uppsala |
|---|---|
| Lanzamiento estable | 2021.2/5 de mayo de 2021 |
| Repositorio | gitlab.com / gromacs / gromacs.git |
| Escrito en | C ++, C, CUDA, OpenCL, SYCL |
| Sistema operativo | Linux, macOS, Windows, cualquier otra variedad de Unix |
¿Cómo verifico la versión de Gromacs??
Simplemente escriba "pdb2gmx" en la terminal y conocerá toda la información requerida.
¿Cómo instalo Gromacs??
Alternativamente, puede descargar y descomprimir el conjunto de pruebas de regresión GROMACS http: // gerrit.gromacs.org / download / regressiontests-5.1.4.alquitrán.gz tarball usted mismo y use la opción avanzada de cmake REGRESSIONTEST_PATH para especificar la ruta al tarball descomprimido, que luego se usará para probar.
¿Cómo descargo e instalo Cmake??
II- Instalación de CMake
Descargue Windows (instalador WIN32). Obtendrá un archivo llamado cmake-version-win32-x86.exe. Ejecútelo y siga el proceso de instalación. Asegúrese de seleccionar Agregar CMake a la opción PATH del sistema.
¿Cómo instalo Gromacs con soporte GPU??
Descarga del kit de herramientas CUDA
Ahora seleccione la última versión del kit de herramientas CUDA de acuerdo con su sistema desde aquí. Descargue el archivo de ejecución local usando el siguiente comando. El archivo de ejecución contiene todos los componentes esenciales que se instalarán. Cambie al directorio donde desea descargar el instalador.
¿Cómo descargo Gromacs en Linux??
- Empezando. Si ha instalado Ubuntu recientemente, no olvide actualizar la información de su repositorio y los paquetes de software en su sistema. ...
- Instalación. El primer paso para instalar Gromacs es obtener cmake, en la terminal, escriba: sudo apt-get install cmake. ...
- Método fácil. ...
- Instalación regular.
¿Cómo se usa Gromacs??
La herramienta de configuración inicial GROMACS utiliza la entrada PDB para crear tres archivos que serán necesarios para la simulación de MD.
...
Configuración
- crear un archivo de 'topología'.
- convertir una estructura de proteína PDB en un archivo GRO, con la estructura centrada en una caja de simulación (celda unitaria)
- crear un archivo de restricción de posición.
Cómo desinstalar Gromacs Linux?
Para desinstalar este paquete, puede usar fácilmente el comando apt y eliminar el paquete del sistema operativo Linux. Esto eliminará gromacs y todos sus paquetes dependientes que ya no se necesitan en el sistema. El comando anterior eliminará todos los archivos de configuración y los datos asociados con el paquete gromacs.
